Ich verwende auch den ENV-Ansatz.
Der Hauptvorteil ist die Ausfallsicherheit/Agilität – solange ich die app.yml habe, kann ich meine Website mit minimalem Aufwand auf einem neuen Server neu starten.
Außerdem ist dies in der Regel etwas, das man einmal erledigt, wenn man eine Website einrichtet. Oder vielleicht als einmaliges Upgrade durchführt. Es passt also gut zu ENV.
Davon abgesehen ist es auch hilfreich, die Einstellungen zur Fehlerbehebung zur Verfügung zu haben, ohne neu erstellen zu müssen; sobald die Einstellungen stabil sind, können sie dann in ENV-Einstellungen migriert werden.