Não acho que haja um comando direto para isso, mas você pode usar o console do Rails.
Primeiro, você entra nele:
cd /var/discourse
./launcher enter app
rail c
Em seguida, você encontra o usuário pelo nome de usuário (substitua username_to_activate) e o ativa.
User.find_by(username: "username_to_activate").activate
Você pode digitar exit duas vezes para sair.
Você deverá ver essa ação no log:
