Ich glaube, die primäre Header-Farbe gilt nur für den nativen Header von Discourse, nicht für die Bereiche, die Sie in Ihrem ersten Screenshot zeigen, welche benutzerdefiniert sind.
Sie müssen dies wahrscheinlich mit CSS anpassen.
Dort können Sie nützliche Dinge darüber lernen. Es wird Ihnen beim nächsten Mal, wenn Sie eine solche Anpassung benötigen, sehr helfen: