Credo che il colore primario dell’intestazione si applichi solo all’intestazione nativa di Discourse, non alle aree che mostri nel tuo primo screenshot, che sono personalizzate.
Probabilmente dovrai personalizzare questo aspetto con il CSS.
Puoi andare lì e imparare cose utili al riguardo. Ti aiuterà molto la prossima volta che avrai bisogno di tale personalizzazione: