Насколько мне известно, когда вы находитесь вне контейнера, containers является подкаталогом /var/discourse; каталога /containers не существует. Поэтому, если я не ошибаюсь, строка «или отредактируйте /containers/app.yml вручную» в файле INSTALL.md должна звучать как «или отредактируйте containers/app.yml вручную» или «или отредактируйте /var/discourse/containers/app.yml вручную».