Cloudflare отлично работает в режиме DNS только. Если вы хотите использовать оптимизацию Cloudflare, убедитесь, что вы отключили кэширование, приложения и производительность через правило страницы (также отключите Rocket Loader).
Помимо этого, вам нужно определять оригинальный IP-адрес пользователя, а не прокси-IP Cloudflare, чтобы избежать ограничения скорости из-за большого количества запросов, поступающих с одного IP-адреса.
Это должно разрешить правильный IP-адрес. А если я использую другой поддомен, который работает в режиме DNS only для длинного опроса (long polling), будет ли это неработоспособно?
Это один из способов излишне усложнить задачу.
У меня в прошлом были проблемы с тем, чтобы заставить это работать правильно, и я не буду особенно рекомендовать это, если вы не готовы к неожиданным приключениям время от времени.