Probablemente optaría por una configuración multisitio y crearía un subdominio separado con su propio Discourse para cada comunidad. Una sola instancia será suficiente para empezar, y cuando tenga más usuarios de los que una sola instancia puede manejar, tendrá suficientes ingresos como para que no sea un problema.
La configuración descrita en Setup Multisite Configuration with Let's Encrypt and no Reverse Proxy es en realidad bastante sencilla. Probablemente añadiría bases de datos de alguna manera que no sea a través de launcher, especialmente si las estuviera añadiendo a menudo, pero debería ser suficiente para empezar.
Y si quieres que cada comunidad sea su propio mundo, entonces puede que no necesites o quieras una única fuente de autenticación, así que tal vez lo que quieres es más fácil de lo que pensé inicialmente.
No está claro si planeas empezar con 20 sitios o 2.000. Si son 20, entonces la solución anterior es suficiente; si son 2.000, probablemente querrás algo más sofisticado.