制限はほとんどありません。主な制限は、テンプレートをオーバーライドできないことと、既存のビューに新しい要素を追加するには Plugin Outlets を使用しなければならないことです。ただし、それと CSS を組み合わせれば、通常は目的が達成できます。
新しいルートを作成し、そのレイアウトを完全に制御することも可能です。
バックエンドはより柔軟です。
したがって、できるだけ公式 API を使用し、再構築の範囲を狭めることができますが、メンテナンス作業を完全に排除することはできません。
メンテナンスが不要だと期待するのは不合理です……私の GitHub アカウントやいくつかの人気拡張機能を見れば、「COMPATIBILITY: 」というコミットが多数あることがわかります 
アップグレードをテストし、カスタマイズが壊れていないか確認できるステージングサーバーを維持しておくのが良いプラクティスです。サイトのカスタマイズ度合いが高ければ高いほど、何らかの形のステージングインスタンスの必要性は増します——ただし、開発インスタンスの使用も役立ちます。