No hay un “antes” ni un “después”. Funcionan en paralelo (categorías y etiquetas). No importa si un usuario selecciona las etiquetas antes o después de ingresar categorías específicas.
Si ingresan las categorías que desean y solo seleccionan las etiquetas después, al final será lo mismo. Las categorías no se filtrarán únicamente por las etiquetas mientras las ingresan, pero probablemente no sea muy importante.
Si te refieres solo a la experiencia de usuario (UX), a la visualización de los cuadros para seleccionarlos, supongo que debe ser posible cambiarlo con bastante facilidad: colocar las etiquetas a la izquierda de la selección de categorías, y no a la derecha. Aunque eso requeriría un tema o CSS.