Isso simplesmente não é possível. Observe que o guia do desenvolvedor menciona que você tem apenas três opções para a execução de tags de script:
Existe alguma razão específica pela qual você precisa do código em after_header? Pode haver outras abordagens que você possa adotar para alcançar o que precisa.
Quando você tentou separar o script no head e o botão em after_header, você tem certeza de que o script não está sendo executado, ou é que você não consegue selecionar o botão? Pode ser devido à forma como o Ember runloop funciona.
Talvez você possa tentar envolver seu script em um