Sí, lo sé. Estás haciendo lo correcto y un buen trabajo.
Probemos con una estrategia diferente.
¿Puedes realizar una copia de seguridad correctamente sin incluir las subidas?
Si es así, simplemente podemos tomar (1) esa copia de seguridad y (2) un archivo tar separado del directorio de subidas y lograr lo que deseas.
Por lo tanto, por favor intenta hacer solo una copia de seguridad sin las subidas (el botón del medio a continuación); seleccionando esa opción en la ventana de copia de seguridad; y responde con el resultado.
Si eso falla, intentaremos hacer la copia de seguridad de la base de datos manualmente desde la línea de comandos 
, lo cual es bastante sencillo y funcionará, estoy bastante seguro (lo hacemos todo el tiempo y rara vez restauramos desde la interfaz gráfica).
Referencia:
Nota:
Lo que decidas hacer @pauln, por favor no destruyas tu VPS existente que ejecuta Debian 7.5 y Discourse hasta que hayas instalado correctamente otra instancia de Discourse (y la hayas restaurado y probado) en tu nuevo VPS.