Olá Simon,
Obrigado por responder e oferecer ajuda!
Tínhamos o site hospedado completamente em um subdomínio, depois mudamos para o domínio principal, mas esta página de ativação de conta ainda está no subdomínio. Tudo o mais está no domínio principal (correto).
Mudei manualmente o e-mail para não fazer referência ao {baseurl} com nosso domínio, pois não consegui descobrir como alterar a variável baseurl — o que parece ser o mesmo problema aqui.
Espero que faça sentido?