¡NO debes eliminar el índice!
Solo necesitas eliminar el registro duplicado.
Busca el segundo registro con user_id = -4 y category_id 9 y elimínalo usando su id.
Esta es una operación arriesgada, así que primero verifica con:
SELECT FROM category_users WHERE id = <el segundo id>;
para asegurarte de que solo devuelva un registro, luego:
DELETE FROM category_users WHERE id = <el segundo id>;
¿Puedes recordar qué cambios hiciste, si es que hiciste alguno, con respecto al bot?