Acredito que o app.yml possa ser encontrado em /var/discourse/containers/app.yml. Você precisará editar esse arquivo e remover qualquer referência ao plugin. Você deverá conseguir localizar algo semelhante ao seguinte no arquivo:
## Plugins go here
## see https://meta.discourse.org/t/19157 for details
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- git clone https://github.com/discourse/docker_manager.git
- git clone https://github.com/discourse/discourse-jwt.git
- git clone https://github.com/zh99998/discourse-cross-origin.git
Cada uma das linhas de git clone ali refere-se a um plugin instalado na instância do Discourse. Após editar o arquivo, você precisará reconstruir sua aplicação Discourse. A partir da pasta /var/discourse, você pode executar ./launcher rebuild app para reconstruir sua aplicação Discourse.