Si quieres hacer esto como un tema, esta será tu única opción. Entrada del usuario (markdown) → procesamiento en el servidor con Ruby → (HTML) recuperación por otros usuarios y posible decoración. Esta es la promesa que se ejecutará antes de pulsar el botón Guardar/Responder. Esto no aparecerá en los borradores, pero tienes razón: sí se mostraría si editas la publicación. Si quieres evitar esto, necesitas deshacer los cambios que realizas al guardar cuando el editor se abre o cambia a la publicación que modificaste antes. Podría entrar en más detalles o simplemente puedes leer el código y hacer tus propias pruebas.
¡Saludos! 
EDITO: Acabo de pensar en esto. Teóricamente, también podrías volver a procesar en el lado del cliente. Pero creo que es una mala idea por rendimiento y otras razones. O simplemente crea un plugin: (Superseded) Plugin Tutorial #1 - How to manipulate the text in the composer?