これをテーマとして実装したい場合、これが唯一の選択肢になります。ユーザー入力（Markdown）→ Ruby によるサーバーサイドでの調理（cooking）→（HTML）の形で他のユーザーが取得し、必要に応じて装飾を加える、という流れです。これは「保存」または「返信」ボタンを押す直前に実行される処理です。下書きには表示されませんが、投稿を編集した場合は表示されてしまう点はご指摘の通りです。これを回避するには、コンポーザーを開く、または変更した投稿に切り替える際に、保存時に行われた変更を元に戻す必要があります。さらに詳しく説明することもできますが、コードを読んで自分で実験してみるのも良いでしょう。
さようなら！ 
追記：これについて考えました。理論的にはクライアント側で再調理（recook）することも可能ですが、パフォーマンスやその他の理由から、それは良いアイデアではないと思います。あるいは、プラグインを作成する方法もあります：(Superseded) Plugin Tutorial #1 - How to manipulate the text in the composer?