¡Gracias! Si tuvieras escasez de memoria, los números de caché serían pequeños, y si estuvieras paginando mucho, las columnas si y so serían grandes. Pero no es así.
Vemos un gran pico en bi y bo, que típicamente es actividad de disco. Me pregunto si algo en algún lugar está construyendo, reparando o escaneando algo.
Quizás intenta ejecutar
ps auxrc
cada cinco segundos durante un minuto más o menos, para ver si puedes capturar un proceso ocupado en acción.
Hay otras utilidades que quizás aún no estén instaladas: quizás busca “Cómo monitorear la E/S de disco en un sistema Linux” o similar.
Vale la pena señalar que si tienes dudas sobre la integridad de tu sistema, reconstruirlo a partir de una copia de seguridad podría ser la forma más rápida de avanzar. Pero asegúrate de tener una copia externa de la copia de seguridad, si no dos, en caso de accidente. Y, idealmente, haz la instalación en una nueva instancia y mantén la existente hasta que la nueva funcione correctamente.