Hai ragione, non ho controllato tutti i miei domini; ho presunto che fossero tutti interessati, ma quello con Discourse può essere ignorato.
Detto questo, ho anche scoperto come forzare il rinnovo:
cd /var/discourse./launcher enter app"/shared/letsencrypt"/acme.sh --cron --home "/shared/letsencrypt" --forceexit
Non so se esista un modo più diretto, ma ha funzionato dopo aver aggiornato la cache del sito web.