Вы правы, я не проверил все свои домены. Я предположил, что все они затронуты, но тот, где используется Discourse, можно игнорировать.
Тем не менее, я также выяснил, как принудительно обновить сертификат:
cd /var/discourse./launcher enter app"/shared/letsencrypt"/acme.sh --cron --home "/shared/letsencrypt" --forceexit
Не знаю, есть ли более прямой способ, но после очистки кэша сайта это сработало.