La forma más sencilla en este momento es instalar el mismo tema dos veces y cambiar la paleta (y también el nombre del tema, para que sepas cuál es cuál).
Es más fácil si el tema es remoto (en Git), ya que de ese modo todas las actualizaciones se gestionan de forma centralizada. Si el tema se creó localmente en la interfaz de administración, puedes exportarlo y volver a importarlo. El método del tema local es un poco más engorroso, ya que tienes que editar ambos temas si quieres realizar cualquier cambio.