¿Cómo personalizaste el encabezado? El problema es que la personalización de tu encabezado depende del tema seleccionado, pero el interruptor de oscuro/claro solo cambia la paleta de colores. El resultado es el mismo si seleccionas la paleta oscura en combinación con el tema claro en tus preferencias.
El Versatile Banner utiliza diferentes imágenes de fondo y colores dependiendo de si una paleta de colores clara u oscura está activa. Podrías hacer algo similar para tu encabezado.