Estou na mesma situação. Mas eu já movi a pasta /uploads/ para o novo S3. Existe uma alternativa ao uploads:migrate_to_s3 que apenas recrie os links, mas pule o upload real?
Acabei de migrar minha instância de uploads locais para S3 e, por mais que tentasse, não consegui descobrir como fazer o migrador do S3 funcionar. Para ajudar qualquer outra pessoa que visite este tópico, vou resumir aqui as etapas necessárias.
Ative os uploads no S3 na interface de administração e configure todas as chaves e configurações necessárias do S3, para que os novos uploads sejam enviados ao S3.
Adicione as variáveis de ambiente DISCOURSE_S3_ necessárias à seção env do arquivo app.yml.
Exemplo: