O bom de ter essas configurações no app.yml é que tudo o que você precisa para restaurar seu site em um novo servidor é esse arquivo; você pode então instalar um Discourse novo e
./launcher enter app
discourse enable_restore
discourse restore
então copiar/colar o backup que você deseja restaurar.
Então, isso não é um problema do Discourse. Existem várias ferramentas que você pode usar para fazer isso, então pesquise algo como “mover dados bucket s3”. Eu uso s3cmd, por motivos que não me lembro.