Здравствуйте,
По умолчанию миниатюры генерируются на основе максимальной ширины изображения и максимальной высоты изображения. Если загруженное изображение меньше этих значений, миниатюра не будет создана.
Если вы хотите отключить создание миниатюр, снимите галочку с этой настройки. Это отключит создание миниатюр только для будущих загрузок, независимо от размера изображения.
Я не нашёл никакой информации о том, как отключить миниатюры для уже загруженных изображений, но, возможно, вам достаточно скрыть их с помощью простого CSS. Этот обходной путь может сработать. 
Common / CSS
.cooked {
.lightbox-wrapper {
a.lightbox {
pointer-events: none; // Отключить все события клика на изображении
&:hover {
box-shadow: none;
}
.meta {
display: none;
}
}
}
}