Ciao @th21!
Sono ancora nuovo qui, ma credo che se non elimini la tua directory /shared, tutti i tuoi dati saranno al sicuro. Quello che ./discourse-setup cambierà sono i plugin, le impostazioni smtp e poi eseguirà la ricostruzione. Aspetterei ulteriori conferme, dato che sono un nuovo utente, ma ne sono quasi sicuro.
Puoi sempre fare un backup e ripristinarlo in seguito. Controlla questo articolo per maggiori informazioni a riguardo.