Podría ser posible tener Cloudflare frente a ambos sitios con una regla para enrutar el tráfico a Discourse para la subcarpeta. No conozco a nadie que esté haciendo eso. Probablemente tendrás que contratar a alguien o resolverlo por tu cuenta. Solo sigue el tema aquí sobre instalaciones en subcarpeta y lo que Cloudflare tenga al respecto.
Pensé que la creencia de que una subcarpeta era mejor para el SEO había desaparecido. Mi recomendación sería usar simplemente un subdominio, pero si tienes presupuesto, contáctame o publica en Marketplace.