Quero adicionar um <script> dentro do tema, para personalizar o link do logotipo da página inicial, posso fazer isso nas configurações de administrador pelo navegador? ou preciso mexer nos arquivos no servidor? alguma ideia?
Olá 
Você pode fazer isso alterando a configuração do logotipo principal com a API. 
Você pode me enviar um link de como implementar isso?
Por favor, veja o tópico que anexei à minha resposta. Tudo explicado de forma agradável nesse tópico.