¡Bienvenido, Mark! 
Reconstruir la aplicación vuelve a descargar Discourse y sobrescribirá cualquier cambio que hayas realizado dentro del contenedor.
Si quieres incorporar modificaciones a Discourse, editar estos archivos de esta manera no es la forma correcta de hacerlo.
Personalizar las funciones de Discourse generalmente se hace con un componente temático:
O un plugin:
Si tienes conocimientos de programación, te sugiero que eches un vistazo a estos enlaces. 
Este enlace podría ser particularmente interesante:
A primera vista, parece hacer exactamente lo que buscas. Simplemente se dirige a otro archivo en la misma carpeta principal.