Как решить проблему утечки исходного IP и DDoS-атак даже при использовании CDN Cloudflare?

Это или, альтернативно, более простой подход — использовать то, что называется туннелем Cloudflare. Это должно быть одноразовая настройка, после чего вы сможете в основном закрыть свой брандмауэр для входящих подключений.