Contanto que este servidor esteja executando apenas o Discourse, você pode tentar executar o seguinte:
cd /var/discourse
./launcher stop app
docker rmi -f $(docker images -aq)
./launcher rebuild app
Isso irá parar o Discourse, remover todas as imagens Docker e, em seguida, reconstruir o Discourse, o que baixa nossa imagem atual.
Quanto aos arquivos que se acumulam, @david temos algo como rake s3:expire_missing_assets para armazenamento local?