Não. É assim que a maioria dos sites funciona. A menos que você administre uma comunidade que, por algum motivo, seja alvo de ataques DDOS, não é algo com que se preocupar. O Discourse tem algumas proteções contra ataques DOS.
Seu site funcionará.
O Discourse faz as otimizações por si só, então aquelas que o Cloudflare adiciona (que não quebram seu site) não ajudam muito. E colocá-lo na frente do seu site, na maioria das vezes, o deixará mais lento, já que todo o tráfego precisará viajar do seu servidor para o Cloudflare e, em seguida, para o usuário final.
Se você estiver realmente preocupado com o desempenho, pode usar uma CDN tradicional (como bunny.net ou AWS Cloudfront) e mover seus ativos para um Configure um provedor de armazenamento de objetos compatível com S3 para uploads.
Existem tópicos que você pode encontrar sobre quais otimizações de velocidade do Cloudflare funcionam com o Discourse.