O template do CloudFlare não é uma novidade, e se você tiver tempo para olhar o código-fonte, verá que o único propósito é obter os intervalos de IP deles e modificar o nginx para garantir que ele esteja olhando para o CF-Connecting-IP, pois o verdadeiro endereço do cliente é obscurecido pelo proxy que a nuvem laranja fornece. Não é algo novo, existe há pelo menos sete anos. Você pode usar o Cloudflare para ocultar a localização do seu servidor, ou atuar como um CDN barato para uploads, mas em ambos os casos, recomendamos que você desative todos os recursos de desempenho e use uma regra de página para habilitar o cache na sua pasta de uploads.
Certo, meu ponto era que, se o Cloudflare fosse não suportado, eles não se dariam ao trabalho de adicionar oficialmente qualquer tipo de suporte a ele em primeiro lugar. Eles também não teriam tutoriais oficiais sobre como usá-lo. É verdade que eles podem recomendar não usá-lo por causa de X, Y e Z em alguns casos, mas isso não é o mesmo que algo ser completamente não suportado. 
Que benefício o teste via GTMetrix demonstraria? Acho que você tem um entendimento fundamental de como o Discourse funciona para citar isso. O Discourse não é um site, é uma aplicação Javascript. Navegar pelo site não envia páginas HTML simples para o navegador. A aplicação Javascript que carrega no seu navegador fala diretamente com o servidor, e é por isso que certos elementos da página não parecem recarregar entre os cliques. A agilidade de dita aplicação é determinada apenas pelos recursos do servidor e pela latência entre o cliente e o servidor. O CloudFlare não pode acelerar sua instância do Discourse, e sua presença entre os dois sistemas aumenta a latência.
Sim, eu entendo que o Discourse não é um site. É uma plataforma para entregar conteúdo como qualquer outra plataforma/software/CMS. Claro que o Cloudflare não pode impactar nada no nível do servidor, o que é especialmente verdadeiro para configurações LAMP. Mas, em última análise, toda plataforma tem que eventualmente entregar todo o código do lado do cliente (HTML/CSS/JS). Claro que o GTmetrix não pode analisar a velocidade do lado do servidor, mas você ainda pode obter algumas informações sobre a saída final da sua configuração. Em outras palavras, como o usuário experimenta o carregamento do conteúdo.
O Cloudflare não acelera muito um site, nem de forma tão dramática quanto otimizações do lado do servidor e melhores recursos do servidor. Concordamos totalmente nisso. Seu foco principal é a otimização de DNS. Existem alguns recursos de CDN mais avançados para contas pagas, especialmente no que diz respeito a imagens, mas eu nunca usei uma conta paga. Eu me pergunto se são alguns desses recursos avançados que levam as pessoas a ter problemas e a pedir ajuda?
O acima é baseado em anos de experiência, não em um sentimento. O Discourse ainda tem problemas periódicos com o Cloudflare. Além de obscurecer o IP do seu servidor e economizar um pouco de transferência de dados para uploads, não há nada que o Cloudflare possa fazer para acelerar um site Discourse.
Droga. Eu sabia que ia ter problemas por dizer “sentimento”, mas é apenas uma figura de linguagem. Estou falando por experiência também. 
Eu não desafiaria o fato de que, como Líder na comunidade oficial do Discourse, você obviamente tem mais experiência com o Discourse, e claramente viu todos os tipos de problemas bizarros causados pelo Cloudflare.
Além de entrar nos detalhes de todas as nuances do Cloudflare/Discourse, eu ainda mantenho meu ponto principal, que é simplesmente que o Cloudflare não é tão assustador quanto a narrativa neste fórum faria a maioria das pessoas acreditar.
Dito isso, eu também entendo de gerenciar comunidades e, obviamente, nem todo mundo é um desenvolvedor ou mesmo experiente em tecnologia. Nesse sentido, posso ver por que ser inundado com pessoas pensando que o Discourse está quebrado quando é apenas o Cloudflare ou algo semelhante pode se tornar irritante.