Bueno, pones la URL del plugin en app.yml como se muestra en el enlace que publicaste:
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- sudo -E -u discourse git clone https://github.com/discourse/docker_manager.git
- sudo -E -u discourse git clone https://github.com/discourse/discourse-spoiler-alert.git
Aquí en el ejemplo, el plugin es discourse spoiler alert.