Prima di ripristinare, puoi configurare S3 sul sito di destinazione nel tuo app.yml (non tramite la dashboard di amministrazione). Una volta confermato che la configurazione è corretta e che è possibile raggiungere il bucket appropriato, puoi procedere con il ripristino e i media verranno collegati correttamente.
Abbiamo una guida per configurare S3 in questo modo qui: Configure an S3 compatible object storage provider for uploads