Перед восстановлением вы можете настроить S3 на целевом сайте в файле app.yml (не через панель администратора). После подтверждения, что настройка выполнена и соединение с нужным бакетом установлено, можно приступать к восстановлению — медиафайлы должны быть корректно связаны.
Инструкция по настройке S3 таким способом доступна здесь: Configure an S3 compatible object storage provider for uploads