それがどうして起こったのかはわかりません。.sql.gz ファイルを復元する際、復元プロセスはアップロード関連のコード（アップロードURLの書き換えを含む）をすべてスキップします。
もしかしたら、私たちが話していることが異なるのかもしれません。私が言っているのは、uploads テーブルの url カラムのことです。通常、これは //your-s3-bucket/original/... ですが、ローカル環境では /uploads/original となります。
.sql.gz ファイルを復元する際の注意点として、URLは一切書き換えられません。これは、バックアップが作成されたサーバーと同じホスト名でサーバーにアクセスできることを前提としています。ホスト名を変更する場合は、URLのマッピングを再設定する必要があります。