В прошлый раз, когда я переезжал на другого хостинг-провайдера, у меня тоже возникли проблемы с S3 при восстановлении. Поэтому я уточнил этот момент, и ответ был утвердительным. Если вы храните изображения в S3, то необходимо делать резервную копию без загрузок. Только базу данных. Но я не знаю, подходит ли это решение в вашем случае. Если решите попробовать, обязательно создайте снимок состояния перед этим.
Подробнее можно прочитать здесь: Restore a backup from the command line - #28
Я только что попробовал, и всё сработало отлично, без каких-либо проблем. 