Eu também recebo isso.
Se eu adicionar artificialmente um atraso de 1 segundo, não recebo mais.
Ok, o limite de 60 chamadas por minuto pode ser evitado da seguinte forma:
No servidor
cd /var/discourse
Abra containers/app.yml no editor (eu uso vi), adicione a seguinte linha à seção env
DISCOURSE_MAX_ADMIN_API_REQS_PER_KEY_PER_MINUTE : 6000
e salve.
Reconstrua (apenas reiniciar não terá nenhum efeito)
./launcher rebuild app