Ok, encontramos al culpable. Fue un solo correo, tan pronto como moví ese correo a una carpeta separada, el resto de los correos se procesaron correctamente.
Un cliente IMAP puede ver ese correo sin problemas. Enviaría el contenido sin procesar de ese correo (incluyendo encabezados y todo) en un mensaje privado, si lo deseas, para que puedas verificar y depurar la razón por la que el proceso se detuvo.