ワンクリックインストーラーは標準的なインストールに近いものですが、本来行うべき手順がわからなくなってしまう可能性があります。
本当に必要な手順は、Discourse 公式の標準インストールに従うことです。ただ、すでに実施済みのように SSH（またはコンソール）を使ってサーバーにアクセスし、
cd /var/discourse
./discourse-setup
を実行すれば動作するはずです。
これで動作すれば、「公式インストール」と言えるようになります。また、./launcher rebuild app のようなコマンドも正しく動作することが保証されます。