Sim, você pode usar uma subpasta, mas realmente não é recomendado. Isso adiciona muita complexidade e a maioria das pessoas não acredita que usar uma subpasta tenha vantagens de SEO, pelo que pude apurar. Dito isso, acho que alguns clientes hospedados têm subpasta, então deve funcionar.
Veja Suporte a subpasta com Docker para mais informações.