はい、その意見に同意します。これは現時点での「制限」であり、今後も引き続き検討していく事項です。
カテゴリが有効化されている際に、過去のトピックを変換しないことにした大きな理由は、ユーザーの行動パターンが異なる可能性が高いからです。フラットモードでは、さまざまな 返信 ボタンはそれほど重要ではありません。投稿はトピックの最後に追加されます。ユーザーが、ネストされたビューに対応する「正しいボタン」を意識的に押しているとは限りません。
基本的には、管理者が過去のトピックに対してこの機能を有効にしたところ、会話内容が読めなくなってしまうことを懸念しています。引き続き検討していきます。私が思いつく最も簡単な変更は、カテゴリ設定を切り替えた際に、「既存のトピックにも適用しますか？」というモーダルポップアップを表示することです。