Se fosse minha comunidade, eu testaria em isolamento primeiro. Por outro lado, vocês obteriam feedback mais valioso mais rápido se habilitassem para toda a comunidade 
. Brincadeiras à parte, acho que testar em isolamento provavelmente é uma ideia inteligente, mas não há migrações de dados destrutivas aqui. Pode ser habilitado e desabilitado com segurança. Nenhuma decisão que você tomar aqui o trancará em nenhuma direção.
Acho que acabei de responder essa parte sem querer! Habilitar a aninhamento simplesmente cria um registro nested_topic para cada tópico no banco de dados e inicia um trabalho para calcular as contagens de respostas descendo pela árvore de ancestralidade. Desabilitar o aninhamento remove esse registro nested_topic e você volta ao formato plano, sem problemas.
Sinta-se à vontade para brincar com isso nesta categoria: