Acho que seu instinto está absolutamente certo, e essa será a realidade final. Existem muitos casos de uso: votação, AMAs, “laticínios estilo diário”, para citar alguns. Cada um deles provavelmente precisará de seus próprios valores para essas configurações, além de novas configurações que ainda não existem.
Seria tecnicamente fácil implementar configurações por categoria para isso. Gostaria de garantir que seja fácil para o administrador configurar isso de uma maneira que não seja esmagadora.
Antes disso, o grande problema é que não há atualmente nenhuma maneira de preencher tópicos em uma categoria específica para que todos sejam aninhados (na interface, é claro que pode ser feito com acesso direto ao servidor). Quando você habilita o aninhamento para uma categoria, isso afeta apenas os novos tópicos, não os existentes.