ロゴの代わりに、サイトのロゴとサイトで現在使用されているヘッダーの背景色を使用した長方形の画像を作成するという解決策はどうでしょうか。
これはバックエンドで行う必要がありますが、背景として含まれる色を持つ画像ブロックを使用することで、Gmailが背景色を反転させるのを防ぐことができます。
参考までに、ダークモードに設定したGmailアプリで複数の大手ブランドのメールをテストしましたが、そのほとんどがこの問題を解決していませんでした。
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