A alteração do tema no meta é armazenada como uma configuração do usuário ou baseada em cookie?

Sim, é baseado em sessão. O componente utiliza setLocalTheme();, que é o equivalente a alterar essa configuração de interface com a caixa “padrão em todos os dispositivos” desmarcada.

Dessa forma, a mesma funcionalidade funciona tanto para visitantes logados quanto anônimos.

Acho que posso incluir makeThemeDefault quando logado, para que persista junto com a conta.