Das Logo, das im hellen Theme schwarz ist, wird beim Wechsel zu einem dunklen Theme (Material Design) unsichtbar. Daher wäre es praktisch, pro Theme ein eigenes Logo festzulegen.
Du kannst im Bereich admin/site_settings/category/branding in den Einstellungen einen für das dunkle Theme hinzufügen. 
Das war doch so trivial! Danke, Jammy! 