このオプションで「y」を選択しても安全でしょうか？
私のサイトでは、メインページは表示できるものの、別のシークレットウィンドウや他のデバイス・ブラウザからアクセスしようとすると、DNS_PROBE_FINISHED_NXDOMAIN エラーが発生します。また、管理設定ページからバックアップをダウンロードすることもできず（ページの描画で停止しています）、バックアップを取得できていません。
そのため、再構築コマンドを実行しようとしたところ、タイトルにある質問が表示されました。バックアップがない状態で「yes」を選択しても問題ないでしょうか？
/var/discourse/shared/standalone/backups/default に、取得可能なバックアップが存在している可能性があります。また、コマンドラインからバックアップを実行することもできます。もしかすると、ディスク容量を圧迫しているバックアップがそこにあるかもしれません。
まずバックアップが存在することを確認し、その後に再構築（rebuild）を実行することをお勧めします。
はい、一般的にその方法で容量を確保しても安全です。ただし、何らかの理由で安全でないと思われる場合を除きます（その場合は、同じマシン上で別の理由で動作している他の Docker コンテナを持っていることに気づくはずです）。Discourse が稼働している場合、クリーンアップによって現在のコンテナは削除されないため、そのコンテナを再起動することは引き続き可能です。