まだ Meta には投稿していません（来週投稿予定です）が、テーマの about.json ファイルでテーマ内のすべての色を上書きできます（詳細は Developing Discourse Themes & Theme Components の「カラー スキーム」セクションをご覧ください）。
投稿で言及されている $primary やその他の色を上書きできますが、$primary-low や $primary-high などのセカンダリ色も上書き可能です。すべての色変数は https://theme-creator.discourse.org/styleguide/atoms/colors で確認できます。
なお、現時点ではこのレベルの色の上書きはリモートテーマでのみ利用可能で、管理 UI でローカルに作成されたテーマでは利用できません。