Похоже, что простое решение — переехать на другой поддомен или подождать неделю, пока Let’s Encrypt выдаст вам сертификат. Более сложный вариант — добавить второй поддомен, указывающий на ваш сервер, и изменить файл app.yml, чтобы запросить сертификат для обоих поддоменов. Настройка Let’s Encrypt с несколькими доменами. Поскольку, судя по всему, ваши проблемы начались из-за ошибок в форматировании YML, такое довольно сложное решение может вам не подойти.